Der Milch werden Milchsäurebakterien zugeführt. Sie sorgen dafür, dass aus der Milch eine festere Masse, ähnlich wie Joghurt, wird (Dicklegung). Die Bakterien heften sich an die Fetttröpfchen der Milch und "saugen" sie sozusagen aus. Dabei produzieren sie Kohlensäurebläschen. Um die Kohlensäure wieder loszuwerden, stoßen die Bakterien Gase aus. Diese Gase können aber durch die Rindenbildung beim Käse nicht mehr entweichen, es entstehen Hohlräume - die Löcher im Käse. Je nachdem, wie viele Bakterien in die Milch kommen, werden es mehr oder weniger, kleinere oder größere Löcher. 

Größe, Form und Verteilung der Löcher geben genauestens Auskunft über den Verlauf der Reifung und somit über die Qualität des Käses. Bekannt für seine Löcher ist etwa der Emmentaler Käse.

Die kleineren Löcher, zum Beispiel beim Tilsiter, entstehen allerdings bereits vor der Reifung und haben nichts mit dem oben genannten Prozess zu tun. Hier wird der Käse vor der Reifung in Formen verteilt und nur leicht angepresst. Die lockere Schichtung lässt dann die kleinen Löcher entstehen.